熊本県南西部にある工業都市、水俣市の駅です。
バスで5分ほどの水俣港からは、天草諸島本渡･牛深方面へのフェリーが就航しています。
九州新幹線は約4km熊本寄りの新水俣駅に停車し、水俣駅は現在肥薩おれんじ鉄道の駅となっています。

【交通】肥薩おれんじ鉄道

（新幹線）
大阪・広島・福岡・熊本・鹿児島方面からは山陽・九州新幹線を利用。新水俣駅（「さくら」の一部と「つばめ」が停車）で肥薩おれんじ鉄道に乗換。

（航空機）
熊本空港からは熊本空港〜熊本駅間リムジンバスを利用。熊本駅からは上記参照。
鹿児島空港からは鹿児島空港〜水俣駅前間特急バスを利用。