熊本県南西部にある工業都市、水俣市の駅です。
バスで5分ほどの水俣港からは、天草諸島本渡･牛深方面へのフェリーが就航しています。
九州新幹線は約4km熊本寄りの新水俣駅に停車し、水俣駅は現在肥薩おれんじ鉄道の駅となっています。

【交通】肥薩おれんじ鉄道

（JR）
福岡・熊本方面からは特急「リレーつばめ」・九州新幹線「つばめ」を利用し、新水俣駅で肥薩おれんじ鉄道に乗換。
鹿児島方面からは九州新幹線「つばめ」を利用し、新水俣駅で肥薩おれんじ鉄道に乗換。

（航空機）
熊本空港〜熊本駅間リムジンバスで54分。
熊本駅からは上記参照。